学院支部设置：教工党支部——中医基础学系党支部、中医临床基础学学系党支部、中医临床方药学系党支部、中药资源学与中药化学学系党支部、中药药剂学学系党支部、中医药学实验教学中心党支部、针灸推拿学学系党支部、中医药学院行政办公室党支部，学生党支部——中医药学院本科生党支部、中医药学院研究生党支部。

       支部党建工作：党委指导各党支部制定工作计划，结合部门中心工作开展教育，采取丰富多彩的形式进行学习实践。按时保质保量完成组织关系集中排查、支部换届、学校党代会筹备、《基本标准》入校检查、党费计算与收缴、支部规范化建设等常规与专项工作。按照从严治党的相关规定与要求，严格组织生活制度，开展了党支部工作专项检查，调整和明确了每位党委委员所联系的党支部，保证党支部建设扎实推进。推进学习型服务型创新型党组织建设，进行每年党支部优秀主题系列工作的评选和创新项目的申报，围绕学校年度工作主题开展年度系列工作，充分发挥服务功能。响应学生党员先锋工程的要求，指导本科生党支部开展了红色“1+1”支部共建活动，研究生党支部开展服务科研楼、服务身边同学老师的活动。针对大学生“思想入党”的难点，开展党员、发展对象理论学习组会汇报，开展理论辩论赛，坚持邀请理论导师进行时事政治和理论政策宣讲。